Le musée municipal a été inauguré au premier étage du bâtiment qui, abritait depuis 1869, la mairie de la ville dans la rue San Agustín. Ce bâtiment, ancien emplacement du séminaire de San Juan de Dios, du couvent des Pères Augustins et de la faculté de philosophie et de lettres de l'université de Málaga, était familier à Picasso car son père y travaillait depuis 1879 en tant que conservateur des tableaux que la mairie exposait au public à l'époque, et à de nombreuses reprises, Picasso a évoqué l'atelier où son père avait passé des heures en tant que professeur de dessin: "L'atelier était une pièce comme une autre, sans conditions particulières : un peu plus sale que celle qu'il avait à la maison, mais il y était tranquille". L'une des premières peintures à l'huile de son fils Pablo est précisément La vue du port de Málaga (vers 1890) une copie de celle de son père, elle-même s’inspirant de la toile du peintre Emilio Ocón de 1878.
Le bâtiment est actuellement en travaux, en attendant d'être transformé en bibliothèque provinciale de Málaga.