Die Basilika steht an dem Ort, an dem die Katholischen Könige während der Belagerung der Stadt zur Zeit der Reconquista ihr Lager aufgeschlagen hatten. Sie war zunächst eine kleine Wallfahrtskirche, die erst zu Beginn des 16. Jahrhunderts zur heutigen Kirche umgebaut wurde. Ihr Zustand machte ihren Abriss und einen Neubau erforderlich, der 1700 fertiggestellt wurde. Der Neubau besticht durch seinen Reliquienturm, einem Meisterwerk des spanischen Barocks. Er ist damit einer der ersten, der nach dem Vorbild des Klosters von Guadalupe gebaut wurde.

Die Kirche hat einen Grundriss in Form eines lateinischen Kreuzes, einen erhöhten Chor am unteren Ende und kleine Emporen zwischen den Wandpfeilern, die zum Mittelschiff hin offen sind. Diese Konstruktion war typisch für die Kirchen der Gegenreformation. Ihr Mittelschiff ist breiter und höher als die Seitenschiffe, damit das Licht auf die Kapellen, das Vierungsgewölbe sowie den lichtvollen Raum hinter dem Altaraufsatz gelenkt wird.

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